Junior obtuvo la tercera estrella (1993) y fue semifinalista de la Copa Libertadores ( 1994).
Por: Francisco Figueroa Turcios
Julio Avelino Comesaña cumplió el segundo capítulo con Junior entre 1992 y 1994. Sin duda que ha sido el ciclo más importante del técnico colombo-uruguayo de los seis que ha dirigido en el cuadro Tiburón. Y es también el momento más importante del Junior en su participación en la Copa Libertadores.
El equipo contrata para la temporada 1992 al técnico argentino Miguel Angel ‘Zurdo’ López, pero los resultados no fueron los esperados por lo que fue licenciado y fue nombrado interinamente a Carlos Peña.
Para el torneo Finalización los directivos del Junior contrataron a Julio Comesaña, logrando un borrón y cuenta nueva con el jugador paraguayo Javier Ferreira quien permanecía en la institución rojiblanca. Comesaña debuta con el Junior el 5 de julio 1992. Junior goleó al Bucaramanga 3-0 en el estadio Metropolitano Roberto Meléndez, con goles de César Calero, Gustavo Mosquera y Javier Ferreira. La tregua entre Comesaña y Ferreira duró muy poco. El conflicto volvió a aparecer el 29 de Julio, un día ante del partido entre Junior y Cúcuta. Se repite la historia: Ferreira es marginado del Junior.
Pese a todo los nuevos contratiempos, Junior logró la segunda casilla del Torneo Finalización, por lo que ganó el boleto a los cuatrangulares de semifinal. En los dos cuadrangulares, le correspondió el Grupo B: Junior, Cali, Millonarios y Bucaramanga. Los dirigidos por Julio Comesaña logran el objetivo de clasificar al cuadrangular final para disputar el título con América, Nacional y el Deportivo Cali. En esta liguilla vino la debacle: no ganó ningún partido. Se pensó que era el final del segundo ciclo para Julio Comesaña, pero los directivos encabezados por Antonio Char lo ratificaron para la temporada 1993.
¡¡¡Junior campeón!!!

Alexis Mendoza, Luis Grau, José Pazo, Francisco Casiani, Mario Uribe e Iván Valenciano.(Abajo):¨Pibe´Valderrama, ‘Nene’ Mackenesie, Niche Guerrero,Víctor Pacheco y Gober Briasco.
Para la temporada 1993, Junior logró importantes refuerzos: Carlos ´Pibe´Valderrama, Alexis Mendoza, Miguel ´Niche´Guerrero .
El 21 de febrero Junior debutó con triunfo 2-1 ante el Quindío en Armenia.
Junior clasificó con lujo de detalles al cuadrangular final para definir el título con Atlético Nacional, Medellín y América. A la última fecha, los cuatro equipos participantes llegaron con opción de ser campeones. Todos tenían cinco puntos, pero la ventaja era para Junior, que tenía 1,50 puntos de bonificación. Medellín tenía uno, Nacional 0,50 y América, 0,25. En la última fecha, Junior era local frente al América en Barranquilla y Nacional y Medellín cerraban el torneo con el clásico.
Tres de los cuatro candidatos fueron, en algún momento de esa tarde del 19 de diciembre de 1993, campeones temporalmente. El partido en Barranquilla fue vibrante. A los 76 minutos, de nuevo Miguel ‘Niche’ Guerrero ponía en ventaja a Junior. Tres minutos después, un barranquillero, Wilson Pérez, empató para América; y con eso, el título volvía a ser para deportivo Independiente Medellín.
Cuando el partido en el Atanasio Girardot terminó, aún faltaban siete minutos en Barranquilla, los jugadores del Medellín y los hinchas ya estaban dando la vuelta olímpica. Pero en el tiempo de reposición, Carlos Valderrama tuvo cabeza fría y talento para meter un pase filtrado y dejar a Oswaldo Mackenzie de frente al arco de Luis Barbat. ¡Gol de Junior, en el minuto 93, y vuelta olímpica en Barranquilla!
Julio Comesaña se confundia en un solo abrazo con todos los jugadores, había cobrado revancha a los dos años que tuvo en las manos el título.
Semifinalista en la Copa Libertadores
Sin duda que la mejor campaña del Junior en las doce presentaciones en la Copa Libertadores fue en el año 1994. Llegó a semifinales. En esta fase, Junior enfrentó a Vélez Sarsfield de Argentina. En Barranquilla, Junior ganó 2-1, Ivan René Valenciano marcó los dos goles del onceno ‘Tiburón’.
En el cotejo en territorio argentino lo ganó Vélez 2-1, Iván René Valenciano volvió a marcar y se constituyó en el verdugo del portero paraguayo José Luis Chilavert. Igualada la serie en puntos y goles, se definió el paso a la gran final por el cobro de los tiros desde el punto penal. Vélez Sarsfield ganó a Junior 5-4.
Sin embargo, el camino de ese año en la Copa Libertadores no empezó prometedor. Los dirigidos por Julio Comesaña ocuparon el tercer lugar del grupo 3 que compartieron con el Deportivo Independiente Medellín y los paraguayos Olimpia y Cerro Porteño. Sumaron cinco puntos en seis juegos, producto de dos partidos ganados (se repartían dos unidades por victoria), un empate y tres derrotas.
Pero en octavos de final la suerte cambió para Junior. Mostró sus intenciones al eliminar al Colo Colo, campeón chileno y líder absoluto del grupo 4. Esa serie terminó igualada a tres goles tras sendos empates (1-1 y 2-2) en Barranquilla y Santiago, por lo que tuvo que definirse en penaltis con saldo favorable a los junioristas (4-3).
Julio Comesaña en el segundo ciclo frente al Junior fue fructifero: campéon en el fútbol colombiano y semifinalista en la Copa Libertadores.